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南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。
学校设有17个学院和1个独立学院——康达学院。在江苏、上海、浙江、山东等地拥有24所附属医院和40多所教学医院。学校现有在职教职工1500多人，其中学校编制专任教师670人。有教授129人、副教授189人，有博士生导师212人、硕士生导师1234人（含附属医院）。学校有“长江学者”特聘教授1名、国家“千人计划”1人、国家杰出青年科学基金获得者4名，国家级教学名师1人，入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”3人，“江苏特聘教授”2人，“国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。学校是江苏省高层次人才培养计划——“333工程”培训基地。2006年、2008年、2010年，学校连续三次被评为“江苏省师资队伍建设先进高校”。
学校现有博士学位授权点48个，硕士学位授权点73个，博士后科研流动站5个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类，拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、2个江苏省一级学科国家重点学科培育建设点、4个江苏省一级学科重点学科、12个省级重点学科。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。
学校设有16个本科专业、2个六年制双学位专业和5个七年制专业（方向）。目前，在校生总数有1.3万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。
学校现有1个国家重点实验室、4个部级重点实验室、12个省级重点实验室（工程中心）。“十一五”以来，学校的科研水平不断跃升，承担了多项国家“863”、“973”项目，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子迅猛增长。2011年，我校获得202项国家自然科学基金项目，再创历史新高。两次被评为“江苏省科技工作先进高校”。
学校现已建成5门国家级精品课程、13门省级精品课程，有5个国家级特色专业、5个省级特色专业、3个省级品牌专业、2个国家级双语教学示范课程，建成2个国家级实验教学示范中心、7个省级实验教学示范中心、19个中央和地方财政共建高校教学实验室、有1个国家级人才培养模式创新试验区。主编11部国家“十一五”规划教材。学校的招生和就业工作受到社会各界的好评，就业率始终保持在95%以上，多次被评为“江苏省毕业生就业工作先进集体”。
学校设有两个校区（五台校区和江宁校区）。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学和研究中心。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1470亩，是教学和科研中心。学校图书馆有纸质文献82万余册、电子文献72万余种、中外文期刊6000余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有11种学术期刊。
近年来，学校广泛开展对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校与美国、澳大利亚、日本、法国等国家的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系。学校于2002年恢复招收留学生和港澳台学生，现有在校留学生和港澳台学生400多人。
进入“十二五”，全校师生员工将认定新目标，凝心聚力，开拓创新、锐意进取，积极推进实施“十二五”发展规划，努力把学校建成一所国际知名、特色鲜明的高水平医科大学，力争在医学人才培养、医学科技创新、医疗卫生服务方面做出更大贡献
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