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学院现设有海关管理系、经济系、法律系、外语系、基础部等五个教学系(部);设置了海关管理、行政管理、物流管理、审计学、国际商务、税务、法学、英语等8个本科专业,分属管理学、经济学、法学、文学等四个学科门类。其中,法学、税务专业分别是教育部第二、三批高等学校特色专业建设点。并有报关与国际货运、应用英语等2个专科专业。目前全日制在校生1,830人,其中本科生1465、专科生365人。
学院的主要任务是立足海关、面向社会,培养符合海关事业和经济社会发展需要的高素质、复合型、应用型的海关管理专业人才以及服务口岸物流和国际商务的外经贸专业人才。并积极开展海关理论研究和国际交流。学院同时承担海关系统中、高级干部继续教育、知识更新和业务培训等任务;并根据世界海关组织(WCO)的分工和亚太区域国家和地区的要求,逐步承担该区域海关人员培训任务,履行相应的国际义务。